Zespół powstał z inicjatywy basisty Douga McCombsa i perkusisty Johna Herndona, do których dołączyli John McEntire, Jeff Parker i Dan Bitney. Z grupą współpracowali też basista Bundy K. Brown (odszedł w 1995) i gitarzysta David Pajo (wcześniej w Slint; odszedł w 1998). Członkowie Tortoise grali wcześniej w kilku zespołach: Eleventh Dream Day, The Poster Children, Bastro, Tar Babies. Debiutancki singel "Mosquito" ukazał się w 1993.
Na wydanym rok później pierwszym albumie pt. "Tortoise" grupa zaprezentowała w pełni ukształtowany, charakterystyczny styl, oparty na powolnym tempie, mocnym uwypukleniu sekcji rytmicznej i brzmieniach inspirowanych jazzem i elektroniką, nazwany później przez krytyków muzycznych post-rockiem. Płyta "Millions Now Living Will Never Die" z 1996 okazała się przełomowa dla tego nurtu. Znalazła się na niej m.in. ponad dwudziestominutowa kompozycja "Djed".
Album "TNT" z 1998 uważany jest za najbardziej jazzowy w historii grupy. Z kolei krótka, niespełna czterdziestominutowa płyta "Standards", zawierała dziesięć inspirowanych wieloma gatunkami muzycznymi i nietypowo zinstrumentalizowanych krótkich utworów, nowoczesnych, różnorodnych, wielokrotnie obrobionych w studiu. Krytycy uznali ją za jeden z albumów otwierających XXI wiek w muzyce popularnej. Na kolejnym, samodzielnie zrealizowanym wydawnictwie "It's All Around You" nacisk położono przede wszystkim na obróbkę studyjną. W 2009 światło dzienne ujrzała płyta "Beacons of Ancestorship".
W styczniu 2016, po blisko 7 latach milczenia, Tortoise ukazali światu swoje kolejne dzieło - "The Catatrophist". Na koncercie, oprócz kompozycji z tego albumu, usłyszymy zapewne również starsze utwory zespołu.
